Depuis le 1er septembre 2026, la prescription des arrêts de travail pour maladie obéit à de nouvelles règles. Le motif médical doit désormais être renseigné par le prescripteur et la durée est, en principe, plafonnée à 31 jours pour un arrêt initial et à 62 jours pour une prolongation.
Dans un cabinet, un centre de santé ou un établissement, cette évolution ne transforme pas le secrétaire assistant médico-administratif en contrôleur médical. Elle renforce en revanche l’importance de gestes précis : connaître le circuit des volets, expliquer la démarche au patient, utiliser le bon support, préserver la confidentialité et signaler une anomalie au professionnel compétent.
Ce qui change pour les arrêts de travail depuis le 1er septembre 2026
Deux évolutions principales sont applicables aux prescriptions et prolongations établies à compter du 1er septembre 2026.
Le motif médical doit être renseigné par le prescripteur
Pour un arrêt de travail pour maladie, le médecin, le chirurgien-dentiste ou la sage-femme doit indiquer les éléments d’ordre médical qui justifient l’interruption de travail. Cette nouvelle obligation ne concerne pas les arrêts liés à un accident du travail ou à une maladie professionnelle, qui suivent leur propre circuit.
Le motif est destiné au service médical de l’Assurance Maladie. Il ne doit pas être communiqué à l’employeur. Le volet 3 remis au patient, puis transmis à l’employeur, ne mentionne pas la raison médicale de l’arrêt.
La durée de prescription est plafonnée
Le décret n° 2026-498 du 12 juin 2026 fixe les plafonds suivants :
- 31 jours pour une première prescription d’arrêt de travail ;
- 62 jours pour chaque prolongation.
Ces plafonds ne signifient pas qu’une situation médicale ne peut jamais justifier une durée supérieure. Le prescripteur peut y déroger si l’état du patient l’exige. Il doit alors motiver cette dérogation sur la prescription au regard des recommandations de la Haute Autorité de santé.
Le décret précise également que ces plafonds ne sont pas applicables à Mayotte. Face à une situation territoriale ou administrative particulière, le bon réflexe reste donc de consulter la règle officielle et la procédure de la structure.
Ce qui ne change pas pour le patient
L’Assurance Maladie indique que les démarches générales restent les mêmes. Lorsque l’arrêt est télétransmis avec l’accord du patient, les volets 1 et 2 sont envoyés au service médical de la caisse. Le patient reçoit le volet 3 et doit le transmettre à son employeur, ou à France Travail s’il est demandeur d’emploi, dans un délai de 48 heures.
Si la télétransmission n’est pas possible, le professionnel doit utiliser le formulaire Cerfa papier sécurisé. Ce support, obligatoire depuis le 1er juillet 2025 pour les avis d’arrêt de travail sur papier, comporte plusieurs éléments d’authentification. Pour l’envoi à la CPAM, un scan ou une photocopie ne remplace pas les volets originaux du formulaire sécurisé.
Le secrétariat doit donc distinguer trois informations souvent confondues :
- le motif médical, renseigné par le prescripteur et destiné au service médical de la caisse ;
- les volets 1 et 2, télétransmis ou adressés à l’Assurance Maladie ;
- le volet 3, remis au patient pour son employeur ou France Travail, sans indication du motif médical.
Quel est le rôle du secrétaire assistant médico-administratif ?
La nouvelle réglementation concerne d’abord l’acte de prescription. Le rôle du secrétariat porte sur la fiabilité du circuit administratif et l’information du patient, dans les limites fixées par la structure et sous la responsabilité du professionnel de santé.
Avant la consultation : sécuriser les conditions de traitement
Selon l’organisation du lieu d’exercice, le secrétariat peut vérifier que les procédures internes sont à jour, que l’équipe connaît le circuit prévu en cas d’indisponibilité du téléservice et que des formulaires Cerfa sécurisés sont disponibles pour les prescripteurs.
Il peut aussi s’assurer que les accès aux outils métier fonctionnent et que les consignes internes distinguent clairement l’arrêt maladie de l’accident du travail ou de la maladie professionnelle. Cette préparation évite d’improviser devant le patient.
Après la prescription : expliquer le circuit sans donner d’avis médical
Le secrétaire peut rappeler au patient quel volet transmettre, à quel destinataire et dans quel délai. Il peut expliquer qu’un arrêt télétransmis ne dispense pas d’envoyer le volet 3 à l’employeur. Il peut également orienter le patient vers l’Assurance Maladie lorsqu’une question porte sur ses droits ou son indemnisation.
En revanche, il ne lui appartient pas :
- de choisir ou de reformuler le motif médical ;
- de décider de la durée de l’arrêt ;
- d’apprécier si une dérogation au plafond est médicalement justifiée ;
- de communiquer un diagnostic à l’employeur ;
- de promettre qu’un dossier sera accepté ou indemnisé par la caisse.
Une demande qui dépasse le champ administratif doit être transmise au prescripteur ou à l’interlocuteur désigné par la procédure interne.
La checklist du secrétariat médical
Pour traiter la situation avec méthode, six vérifications simples peuvent servir de repère :
- Identifier la nature de l’arrêt. S’agit-il d’une maladie ordinaire, d’un accident du travail ou d’une maladie professionnelle ? Les nouvelles règles présentées ici ne s’appliquent pas de la même façon à tous ces cas.
- Vérifier le mode de transmission. Si les volets 1 et 2 sont télétransmis, seul le volet 3 est remis au patient. En cas de procédure papier, le formulaire sécurisé est requis.
- Donner une information administrative exacte. Le patient doit savoir quel document envoyer à la CPAM, à son employeur ou à France Travail, et respecter le délai de 48 heures.
- Repérer une durée inhabituelle sans l’interpréter. Au-delà de 31 jours pour un arrêt initial ou de 62 jours pour une prolongation, seul le prescripteur peut établir et justifier la dérogation.
- Protéger le motif médical. L’employeur n’a pas à connaître la pathologie du salarié. Le volet qui lui est destiné ne comporte pas cette information.
- Tracer et orienter. En cas d’erreur apparente, de document incomplet ou de doute, suivre la procédure de la structure et solliciter le professionnel habilité.
Quatre erreurs à éviter au secrétariat
1. Ajouter soi-même une justification médicale
Même si une case paraît incomplète, le secrétariat ne doit pas inventer, déduire ou compléter un motif. La prescription et sa justification relèvent du professionnel de santé. L’anomalie doit lui être signalée.
2. Penser qu’un arrêt de plus de 31 jours est toujours interdit
Le plafond prévoit une possibilité de dérogation. Le secrétaire peut repérer la durée et alerter, mais il ne peut ni invalider le document ni juger la situation clinique.
3. Confondre télétransmission et information de l’employeur
La transmission électronique à la caisse concerne les informations destinées à l’Assurance Maladie. Le patient doit toujours disposer du volet 3 à remettre à son employeur ou à France Travail.
4. Répondre à voix haute à une question sensible dans l’espace d’accueil
La confidentialité dépend aussi des conditions matérielles de l’échange. Une question sur un arrêt, une pathologie ou un document médical doit être traitée avec discrétion, en évitant d’exposer des informations devant d’autres patients.
Cette vigilance prolonge les bonnes pratiques déjà nécessaires en matière de cybersécurité en santé et d’identitovigilance avec l’INS.
Pourquoi cette réforme concerne directement les compétences SAMA
La fiche officielle du titre professionnel Secrétaire assistant médico-administratif indique que ce professionnel collecte les documents nécessaires à la prise en charge administrative et financière, s’assure de leur validité, actualise le dossier patient et travaille dans le respect du secret médical, du secret professionnel et des règles de confidentialité.
Le traitement administratif d’un arrêt de travail mobilise précisément ces compétences :
- comprendre une procédure réglementée et ses mises à jour ;
- utiliser un logiciel métier et un téléservice ;
- contrôler un circuit documentaire sans empiéter sur la décision médicale ;
- informer un patient de façon claire et rassurante ;
- préserver la confidentialité à chaque étape ;
- savoir identifier une anomalie et la transmettre au bon interlocuteur.
La formation TP Secrétaire assistant médico-administratif d’ESSAP prépare à ce positionnement professionnel : être fiable sur l’administratif, précis dans la communication et rigoureux sur la protection des données de santé.
Questions fréquentes
Le motif de l’arrêt apparaît-il sur le volet envoyé à l’employeur ?
Non. Le motif médical est destiné au service médical de l’Assurance Maladie. Le volet 3 transmis à l’employeur ne révèle pas la raison médicale de l’arrêt.
Un arrêt initial peut-il dépasser 31 jours ?
Oui, si l’état du patient le justifie. Le prescripteur doit alors motiver la dérogation sur la prescription au regard des recommandations de la Haute Autorité de santé.
Les nouvelles règles concernent-elles les accidents du travail ?
L’obligation de renseigner le motif médical et les plafonds présentés par l’Assurance Maladie concernent les arrêts pour maladie hors accident du travail et maladie professionnelle. Ces situations disposent d’un circuit spécifique.
Le secrétariat peut-il corriger un arrêt de travail incomplet ?
Il peut repérer une anomalie administrative et la signaler, mais il ne doit pas compléter une information médicale à la place du prescripteur. La correction doit être effectuée par la personne habilitée selon la procédure de la structure.
À retenir
Depuis le 1er septembre 2026, le prescripteur doit renseigner le motif médical d’un arrêt de travail pour maladie, et les durées sont en principe limitées à 31 jours pour une première prescription et 62 jours pour une prolongation. Une dérogation reste possible lorsqu’elle est médicalement justifiée.
Pour le secrétariat médical, l’enjeu essentiel est de fiabiliser le parcours du document sans franchir la frontière du soin : vérifier le circuit, informer le patient, protéger le motif médical et orienter toute question clinique vers le prescripteur.